Подключаемся по ssh
Обновляем систему
apt upgrade -y --no-install-recommends
Устанавливаем phpmyadmin
apt install phpmyadmin
На этапе установки спросит apache?» просто соглашаемся, далее исправим на Nginx
Устанавливаем пароль как просит утановочник (да; вводим пароль; подтверждаем пароль)
PhpMyAdmin установлен, теперь настроим Nginx
nano /etc/nginx/sites-available/ispconfig.vhost
И в данном файле необходимо раскоментировать все строки начиная с location /phpmyadmin {

Сохраняемся. Перезагружаем Nginx
sudo service nginx restart